浙江省儿童医院心胸外科创建于1981年，至今已有40多年的历史，是浙江省第四批医学重点建设学科、中华医学会小儿外科分会心胸外科学组副组长单位，拥有一支心脏疾病治疗领域的国际化专家团队，现有专科医师13名 ，其中主任医师5名、副主任医师5名、主治医师2名、住院医师1名。近80%人员具有博士学历，其余均具有硕士学历，骨干人员先后赴美国、德国、加拿大等国际著名心血管科研机构进修深造，具有多年实际临床工作经验。
科室于2015年独立建科。自1981年完成首例先天性心脏病体外循环手术以来，手术数量和质量不断提高，每年开展手术约1500余例， 体外循环手术约800余例，手术成功率达99%以上 。最低手术年龄1天，最低体重500g，体外循环最低体重1.7kg。1岁以下手术占35%左右，新生儿手术占10%左右，复杂先心病占约20%~30%。除常规进行动脉导管未闭、房间隔缺损、室间隔缺损等先心病手术外，还率先在省内开展各类新生儿、婴幼儿复杂先天性心脏病手术(包括完全性大血管转位、单心室、完全型房室通道、右室双出口、三尖瓣下移畸形、完全性肺静脉异位引流、永存动脉干、主动脉弓缩窄或离断、肺动脉闭锁等)各类复杂先心病，其诊疗水平国内一直处于领先地位，部分已达国际先进水平。国内率先开展和建立新生儿室间隔完整型肺动脉闭锁PDA导管支架置入至婴儿后期行室半矫治的镶嵌分期治疗策略，成功开展了气管成形术。为了适应病人对微创手术的要求，常规开展经右胸微创切口体外循环下室缺房缺修补及法洛四联症根治术，国内率先开展食道超声引导下经胸微创伞片封堵治疗先天性心脏病，并首创经左胸肋间超微创切口伞片封堵室间隔缺损及食道超声引导下经股静脉穿刺房间隔缺损封堵术。达芬奇机器人辅助下的动脉导管未闭结扎手术更是达到了国际领先水平。2023年率先在国内开展儿童心力衰竭的心室辅助治疗。
科室还承担着浙江大学的教学任务和省内外进修医生的培养任务，近5年科室以第一作者或通讯作者发表SCI论文36篇；在中华外科杂志、中华心胸血管外科杂志、中华小儿外科杂志等一级杂志发表论文26篇；承担国家自然科学基金、省重大专项等项目课题11项。
科室现拥有床位47张，并配备护理技术精湛的专科护士，术前、术后护理精心细致，具有鲜明的专业特色，既保证护理的质量又保证患儿的身心健康。
我院是“爱佑基金会”，“浙江省青年发展基金会”，“爱无国界基金会”，“新希望基金会”，“向阳花基金”“蒲公英爱心妈妈基金”等诸多基金会指定医疗机构，科室每年通过上述基金会救助上百名贫困先心儿童，年均使用救助基金约300万。
